1.综合部：由院办公室、车队、人劳部、工会组成。负责院行政管理和日常事务，负责公文的起草与发布，做好上传下达工作，负责院属车辆的管理，负责人劳、工资、社保、招聘、退休等工作，负责职工福利、保障女工权益、组织开展文体活动及精神文明建设等。
2.财务部：健全财务管理制度，编制财务计划，加强经营核算，检查并监督财务纪律，联系银行、税务等部门，做好资金管理及税金缴交工作。
3.总工办（地下空间研究中心）：协助院总工程师开展技术培训与创新，对质量进行检查等，负责资质维护与升级。设立图审中心，负责外单位勘察报告审查。
4.岩土工程部（绿色岩土工程中心）：负责岩土工程勘察、地质灾害评估、勘查、设计、施工、监理等工作。
5.矿山资源环境部：矿山开发利用方案编制、地质环境恢复治理方案编制、地质环境恢复治理工程监理、地质灾害治理工程勘查、设计、施工、监理。
6.水文地质部:负责水文地质、钻探等相关业务。
7.水土保持部:负责水土保持等相关业务。
8.经营合约部:负责项目洽谈、招投标、合同签订、工程款催收等。
9.安全管理部:负责安全教育培训、安全检查、安全管理、安全制度的修订完善等。
10.测绘分院：负责测绘工作。设立三亚办事处，负责三亚及周边地区工勘、测量等市场的开拓与经营。
11.测试中心：负责土工试验、水质分析、岩石试验检测。
12.海南智地资源评估有限公司：负责矿山安全评价工作。