1.综合部：由办公室、党建办、车队等组成。负责公司行政管理和日常事务，负责公文的起草与发布，做好上传下达工作，负责公司党务工作，负责公司车辆的管理。
2.财务部：健全财务管理制度，编制财务计划，加强经营核算，检查并监督财务纪律，联系银行、税务等部门，做好资金管理及税金缴交工作。
3.人力资源部：负责公司人事与工会工作。负责人劳、工资、社会保险与住房公积金、招聘、退休、职工福利、保障女工权益、组织开展文体活动及精神文明建设等工作，负责协助综合部、总工办等部门相关工作。
4.总工办：协助总工程师开展技术培训与创新，对质量进行检查、审定等，负责资质维护与升级。
5.审查中心：负责外单位勘察报告审查。
6.岩土与地灾部：负责岩土工程勘察、设计，地质灾害治理工程评估、勘查、设计、监理、施工等相关业务。。
7.资源环境部：地质调查、矿产资源勘查、矿山开发利用方案编制、地质环境恢复治理方案编制、司法鉴定、安全评估等相关业务。
8.水文及水资源评价部：负责水文地质、钻探、水资源论证、水土保持、社会稳定性评估等其他相关业务。
9.经营管理部:负责项目洽谈、投标、合同管理、成本结算、工程款催收等工作。
10.安全管理部:负责安全教育培训、安全检查、安全管理、安全制度的修订完善等。
11.测绘部：负责测绘工作。设立三亚办事处，负责三亚及周边地区等市场的开拓与经营。
12.测试中心：负责土工试验、水质与土壤分析、氡检测等野外测试检测。
13.海南智地资源评估有限公司：负责矿山安全评价、风险评估工作。